南海出入境检验检疫局组建于1999年11月，隶属于广东出入境检验检疫局，为正处级行政单位。内设14个正科级职能科室，包括办公室、人事科、政工科、财务科、法制与稽查科、综合业务科、检务科、卫检科、动检科、植检科、机消科、资化科、食品科、认证监管科；下设5个副处级办事处：南海港办事处、平洲办事处、九江办事处、官窑办事处、北村办事处。是行使《中华人民共和国进出口商品检验法》、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》、《中华人民共和国国境卫生检疫法》和《中华人民共和国食品卫生法》等法律法规赋予的职责，依法履行出入境卫生检疫和动植物检疫，以及进出口商品检验、鉴定、认证和监督管理工作，充分运用技术手段，强化涉及健康、卫生、安全、环保和反欺诈的检验检疫把关，维护国家主权、经济安全和生态安全，保护出入境人员身体健康，促进广东对外经济贸易发展的行政执法机关。

　　主要职责包括： 

    1. 贯彻执行出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程，负责所辖区域的出入境检验检疫、鉴定、认证和监督管理等行政执法工作。

    2.负责实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督，负责口岸传染病的预防与控制工作，负责出入境人员的预防接种和传染病监测体检的管理工作。

    3.负责实施出入境动植物及其产品和其他检疫物的检验检疫与监督管理，负责动植物疫情监测、调查等工作，办理国家出入境检验检疫局授权的动植物检疫审批，实施动植物疫情的紧急预防措施。

    4. 负责实施进出口商品（含食品）的法定检验和监督管理，负责实施出口危险品货物包装检验，负责进出口商品鉴定管理工作，负责实施外商投资财产鉴定，办理进出口商品复验工作。

    5.负责实施对进出口食品、动植物及其产品等的生产（养殖、种植）、加工和存放等单位的卫生、检疫注册，负责实施进口安全质量许可和出口质量许可工作，负责实施进出口产品、体系认证和实验室认可、人员注册等工作，并监督管理。

    6.负责实施国家实行进口许可制度的民用商品的入境验证，负责出口、转口商品的有关出境验证。

    7. 负责实施出入境交通运载工具和集装箱及容器的卫生监督、检疫监督和有关的适载检验、鉴定，负责出入境交通运载工具、集装箱、包装物及铺垫材料和货物的卫生除害处理的管理工作。

    8. 负责执行国家、国务院有关部门和国家出入境检验检疫局签署的有关检疫、检验的国际协议、协定和议定书等，负责技术性贸易壁垒协定和检疫协议的实施工作。

    9.负责签发出入境检验检疫证单和标识、封识，并进行监督管理。负责出口商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证工作。

    10. 负责所辖区域的出入境检验检疫业务统计，调查和收集国外传染病疫情、动植物疫情和国际贸易商品质量状况，提供有关信息。

    11. 负责对所辖区域内各类涉外检验检疫、鉴定和认证机构（包括中外合资、合作机构）以及卫生除害处理机构的监督管理。

    12.负责出入境检验检疫科技、标准化和信息化工作，负责有关的国际合作与交流工作。

    13. 负责人事管理、教育培训、外事、财务、基建、物资管理、纪检监察、审计、精神文明建设与思想政治工作。

    14.承办广东出入境检验检疫局交办的其他工作。